基因是遗传信息的源头，而功能蛋白是人体功能的执行体。同时，蛋白质的表现也是多样的、动态的。所以，传统的对单个蛋白的研究，已经不能满足后基因组时代的要求。蛋白质组学研究是一门对一个生物或者一个细胞在特定的生理或病理状态下表达的所有蛋白质的特征、数量和功能进行研究的科学。在日前召开的第9届亚洲儿科肾脏病大会、第11届全国儿科肾脏病大会上，北京协和医院儿科专家魏珉教授对当前有关肾病的蛋白质组学研究进行了综述，并指出，运用蛋白质组学的最新进展可进一步探明肾病的生理功能和发病机制，从而有助于对该病的治疗。
有助于加深对肾脏生理功能的认识
魏珉教授介绍，有学者对肾脏的基质和髓质蛋白进行了研究，发现它们之间是有差异的，如基质有1005种蛋白表达，而髓质有885种蛋白表达。人们相信，随着对全部皮质、髓质蛋白最终鉴定的完成，会对其生理功能有更深一步的认识。
对于肾脏不同部位的蛋白，也有许多人进行了研究。如有人对红细胞蛋白质组进行研究时发现，它有106种蛋白表达，其中有88种是特异性蛋白。魏珉教授认为，对肾脏某一个结构的蛋白质信息进行了解是非常重要的，也是非常必要的，因为它对了解这一结构的功能非常有帮助。
对尿蛋白质的研究，也是肾脏病蛋白质组学研究的一个热点。目前该领域已经建立了正常人尿蛋白质的图谱，并鉴定出包括转移因子、黏附因子、补体等等蛋白。同时，有学者在将尿蛋白质研究应用于临床时发现，女性初段尿与中段尿的蛋白质图谱是不同的。还有的学者研究了不同的刺激和不同的生理条件下，肾脏蛋白和尿蛋白排出的变化，结果发现，在急性大负荷时，有一些蛋白的排出是减少的，有一些蛋白的排出是增加的——这使得人们要重新思考肾脏调节钠的生理学机制。
有助于弄清肾病的发病机制
在肾病蛋白质组学的研究中，有学者通过钳夹造成动物单个入球小动脉狭窄，经过质谱等分析后发现，其有14种蛋白的表达与正常组有差异。在糖尿病肾病的分子学机制研究中，有学者通过糖尿病动物模型，对其蛋白质组学进行了分析，发现有30种蛋白表达与正常组是不同的，其中有19种在糖尿病中有变化，如弹力酶的抑制表达增加，而弹力酶的表达下降。
在肾小球疾病方面，目前蛋白质组学研究证实了人们对于血浆中持续循环的某些因子可能损伤了肾小球的滤过屏障，从而导致肾小球疾病的推测。并从很多的血清蛋白中，发现有10个因子可能与蛋白尿的发生有关。另有学者研究了糖尿病肾病、肾小球疾病和狼疮性肾病在尿中的标记物，发现这3种肾病都有各自的尿蛋白表达谱，是可以将其区分的。其中一些蛋白如白蛋白、转铁蛋白等的表达明显增加，而激肽原（血浆α2球蛋白）等蛋白的表达明显减少。人们已经知道，激肽原是缓激肽（BK）的引物，而缓激肽在肾脏疾病中起重要作用：肾脏中缓激肽与血管舒缓素的套结，就会导致系统性的高血压。
还有一些学者应用蛋白质组学方法进行了肾毒性研究，发现铅中毒后肾脏皮质的76个蛋白中有13个蛋白发生改变。这种方法可应用于放射性对比剂诱导的肾损伤的诊断。在环孢素A造成的肾损伤中，有两个蛋白的表达减少：一个是钙结合蛋白；另一个是一种拮抗蛋白。在庆大霉素造成的肾损害中，至少有20种蛋白发生了改变，这些改变涉及到糖原易生，细胞压力反应，脂肪肝内合成、转运等。这说明，庆大霉素造成的肾损害使能量产生等都受到了影响。
在膀胱鳞状细胞癌的蛋白质组学研究中，有学者鉴定出124种多肽的表达，其中有的蛋白仅在鳞状细胞癌中表达，而在转移癌中不表达，因此使其成为非常有意义的鳞状细胞癌的标志。
魏珉教授指出，上述研究表明，蛋白质组学在肾病的研究中是一个非常有用的工具，而表达蛋白质组学是整个功能蛋白质组学的重要组成部分，将两者结合，可以使人们更好地了解肾脏功能及肾脏疾病的发病机制和病理生理，从而发现新的治疗靶标和新的药物。此外，由于蛋白质组学具有无创性和高通量，因此在临床疾病的诊断上，也有着十分诱人的前景。
