近年来，全世界性传播疾病（STD）的发病率不断升高，已成为严重危害人类健康的公共卫生问题。衣原体感染是最常见的STD之一，它可引起多种疾病，并且有严重的并发症和后遗症，还能垂直传播给新生儿，威胁两代人的健康。因此，有效合理地选择抗衣原体药物进行治疗是防治的关键。
四环素类
强力霉素。为长效、广谱的半合成四环素抗菌素，由土霉素6α位上脱氧而制得。其抗菌力较四环素强，而较二甲胺四环素稍弱，口服吸收良好，排泄缓慢，血液浓度维持较四环素持久，半衰期12～20小时，每日口服1次即可，副作用类似四环素，但较轻，且不受食物的影响。微生物对本品与四环素、土霉素等有密切的交叉耐药性。
米诺环素。是第二代半合成的四环素类药物，与四环素的药理作用相似，但抗菌谱更广，对革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌，特别是对四环素耐药菌株敏感，对沙眼衣原体的抗菌作用较显著，主要为抑菌作用，高浓度时具有杀菌作用。该药吸收率为100％，半衰期长达17～20小时，每日口服1～2次即可；用量小，每次10毫克；吸收快，食物的影响不大；亲脂性高，能强力渗透抵达细胞组织，使其在泌尿生殖道的浓度高于有效治疗浓度，因而疗效较高。有报道用米诺环素治疗沙眼衣原体感染所致非淋菌性尿道炎32例，治愈30例，治愈率为93.8％。还有人治疗沙眼衣原体感染阳性的不孕妇女12例，米诺环素100毫克，每日两次，疗程10天，结果治愈10例，阴转率为83.3％。美国疾病控制中心建议治疗方案：米诺环素100毫克，每日两次，疗程至少7天。
米诺环素的副作用主要为头晕、恶心，一般在服药开始前3天内出现，逐渐减轻，停药后症状消失。
喹诺酮类
氟嗪酸。是第三代喹诺酮类药物，对衣原体有一定的抗菌作用。口服吸收良好，常用剂量为100毫克或200毫克，血药浓度达峰时间为0.7小时，半衰期为6.7～7.4小时。据报道，采用氟嗪酸和米诺环素治疗衣原体感染，治愈率氟嗪酸组为56.25％，米诺环素组为85.71％，表明氟嗪酸组具有一定的抗衣原体作用，但疗效明显低于米诺环素。
司帕沙星。是近年合成的第一个氨基双氟喹诺酮类新抗菌素，作用机制是抑制细菌或沙眼衣原体、支原体DNA合成过程中DNA旋转酶的活性，达到其抗菌活性。该药抗菌谱广，对革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌以及沙眼衣原体、支原体都有很强的抗菌活性。对泌尿生殖道组织的渗透性良好，组织内药物浓度高于同时药物血浓度数倍。它是目前惟一同时对支原体、衣原体和淋球菌有强力杀菌作用的氟喹诺酮类药物。有报道用司帕沙星100毫克，每日4次口服7天，首剂加倍，治疗男性非淋菌性尿道炎48例，有效率为95.8％。还有报道用司帕沙星200毫克单剂口服方案治疗无并发症淋病97例，治愈率达99％。
司帕沙星在第8位上引入氟原子使其在体内吸收良好，半衰期在体内长达16.8小时，可每日1次给药，故患者依从性好，并且副作用发生率低。
大环内酯类
交沙霉素。是一种16环的大环内酯类抗生素，抗菌谱广，对革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌、支原体、衣原体均有较强的抗菌活性，口服吸收效果显著，组织中药物浓度高，在泌尿道和前列腺中的浓度远比血液中高，并且具有毒性低、副作用小的特点。有报道，用交沙霉素治疗衣原体感染尿道炎27例，口服1200～1600毫克，每日3～4次，平均疗程10天，治愈24例，治愈率为89％。
克拉霉素。是14员环大环酯环，第6位被甲氧基取代。对胃酸的稳定性高，口服后血药浓度高而持久，生物利用度高达55％，且不受食物影响；抗菌活性强大，抗生素后效应较长；吸收迅速，对组织和细胞穿透力强；对衣原体的作用比四环素类强。有报道，淋球菌及衣原体感染39例，口服克拉霉素150～400毫克，每日2～3次，2～14天，结果18例淋菌性尿道炎有效率33.3％，18例衣原体感染尿道炎，有效率为88.2％。
罗红霉素。该药耐酸，吸收好，血药浓度高。口服150毫克罗红霉素的血药浓度与曲线下面积比口服红霉素300毫克分别高12.8倍和21倍，血药峰浓度比红霉素高两倍，且吸收率不受年龄的影响，在重要组织和体液中浓度比血清高，体内分布广，半衰期长，副作用较轻。有报道用罗红霉素150毫克，每日两次，治疗衣原体尿道炎有效率为93％～97％，治疗生殖系感染的效果与多西环素等四环素类相似。
阿奇霉素。是15员大环酯环上以氮取代9琢位上的甲基。美国疾病控制中心已将阿奇霉素（AZI）列为生殖道沙眼衣原体感染首选治疗药物之一。国内有报道，生殖系统感染172例分别口服AZI单剂量每日1克，或两次剂量每次0.5克，每日两次，和3天剂量1克（第1天0.5克，第2～3天各0.25克）进行治疗，其中89例为沙眼衣原体感染。结果单剂量消除病原菌与两次和3天剂量给药一样有效。治疗4周后，沙眼衣原体消除率为98％。另有报道，采用AZI1克单剂量口服疗法两周治疗沙眼衣原体尿道炎及宫颈炎，治愈率为85.71％，总有效率为100％，细菌清除率达90.48％。
另外，阿奇霉素还可治疗同时合并存在淋球菌感染的支原体感染。
