1．不良反应出血是肝素类主要的危险，而血小板减少是罕见的。长期应用可导致骨质疏松。皮肤可有轻度皮损。罕见过敏反应，如荨麻疹、结膜炎、鼻炎、哮喘、紫绀、呼吸急促、压迫感、发热、血管神经性水肿及过敏性休克。有报告发生血管痉挛反应，表现为疼痛、紫及所受影响的肢体缺血性坏死者，肝素本身不一定是过敏反应的唯一因素，其防腐剂氯甲酚也可致局部及周身性过敏反应。尚未见有致癌作用的报告。
2、相互作用
（1）潘生丁有抑制血小板聚集，防止血栓形成的作用，可引起出血倾向及促进抗凝作用。故二者合并成应用需慎重。
（2）乙酰水杨酸易引起胃粘膜出血，并用肝素可加剧出血。其它水杨酯类阻碍凝血酶原合成，可使肝素效力加强。
（3）肝素与普鲁卡因混合注射可减轻疼痛而不影响抗凝作用。
（4）右旋糖酐可抑制红细胞及血小板凝集，防止血栓形成。肝素与右旋糖酐并用，可提高对DIC的疗效。休克时常有微循环障碍DIC。酸中毒时凝血过程加强，减弱肝素的抗凝力。加用NaHCO3和乳酸钠等纠正酸血症，可促进肝素的抗凝作用。
（5）肝素与下列药物在同一溶液内可能发生沉淀，应予注意：氯丙嗪、扑尔敏、苯海拉明、奋乃静、甲哌氯丙嗪、异丙嗪、氯霉素、红霉素、卡那霉素、多粘菌素B、链霉和四环素类。
（6）肝素的作用可被下列药物减弱：大剂量吩噻类，大剂量苯海拉明和大剂量异丙嗪。
（7）肝素可减弱筒箭毒碱的作用。
