近年研究表明，在正常人以及某些疾病对HLA-Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ这三类基因还存在连锁不平衡现象，并构成一些具有分布特异性的大单体型，并先后提出不同的术语加以概括，如MHC扩展单体型（MHC-extended haplotype,EH)、MHC祖传单体型（MHCancestral heplotype,AH）、HLA-补体单体型（HLA-complement haplotype）超型、超单体型、优势等位基因组合等。在目前，EH与AH较常引用。一般目前认为以HLA-[B-（C2）-Bf-C4A-C4B-DR]等。6个或5个座位的同步检测应是最低要求，而且常用HLA-B型进行命名。不过HLA基因DNA分型技术的快速发展，有些在HLA-Ⅱ类血清学分型的基础上加上DNA分型，看来是当前发展的趋势。Alper与Awdeh等人测定过美国白人714条染色体上EH频率，其中以HLA-[B8-CS01-DR3]频率最高，频率超过0.01的EH共有12种。这些EH的组合频率约占检出总EH的30%。他们还提出HLA-EH固定在HLA-B与DR之间的距离约106bpDNA，相当于连锁图距1cM，或重组分数0.01。
Dawkins提出的MHC-AH系指无关个体间相同的保留单体型，或者说存在于无关个群体中单体型特异性的等位基因组合，这在HLA已知基因座位已有证明，但C6p的HLA区还是有不少DNA区尚末发现具体的基因，用HLA-B至TNF之间尚末发现具体基因的DNA探针进行检查发现，这些区也呈多态现象，各段DNA也组成单体型，而且这种单体型也与特定的已知AH有连锁关系。这一发现，无疑对HLA-AH的本质有了进一步的了解。
EH或AAH在人类学研究上具有意义。Fraser等在非洲源黑人中检出4种过去没有报告过的补体型CF（1，90）0、CF63、C（F1）17及CS（3，2，90）0，其中前两种分别与HLA-B42（52、53、58）-DR3和HLA-B70-DR5组成EH，而这两种EH在白人中极为罕见，国外认为非洲源黑人具有独特的HLA-EH。又如中国人与日本人多见的HA前半段为HLA-[A2-Cw11-B46-C2C-BfS-C4A4-C4B2]完全相同，只有DR前者为9，后者为8，DQ前者为9，后者为6，这表示，中日两个人群的AH具有极大的相似性，而在HLA-Ⅱ类外才有分化。撒丁岛人（Sardinian）HLA-EH很受人们的重视，在意大利的撒丁岛，15%的人的EH为HLA-[A30-Cw5-B18-BfF1-DR3-DR52-DQ2],远远超出至今所知的世界人群，而且其C4B与21A基因RELP缺失，即这一单体型为C4及21羟化酶基因重复的祖传单体型。
