在Ig重链基因重排后，轻链的可变区基因片段随之发生重排，V与J基因片段并列在一起。κ轻链基因先发生重排，如果κ基因重排无效，随即发生λ基因的重排。
（一）κ链基因的结构和重排
在小鼠，Vκ基因片段约有250个，间隔距离平均为10～12kb；Jκ有5个，其中4个有功能：Cκ只有1个。在人类，Vκ基因片段约有85～100个，编码V区氨基端的1～95位氨基酸，包括CDR1、CDR2和部分CDR3。根据DNA相似性程度，Vκ可分为16个组。在胚系DNA水平上，Vκ基因片段分散约占2000kb之长，占人2号染色体长度的百分之一左右。Jκ基因片段有5个，编码第96～108氨基酸。Jκ与最后一个Vκ基因片段的3′端相距为23kb，但与Cκ外显子靠得较近。Cκ也只有1个，编码C区（109～214氨基酸），所有κ轻链具有同一结构的C区。人和鼠Cκ距最后一个Jκ基因片段约2.5kb。Vκ与Cκ之间以随机的方式发生重组连接。人κ轻链V基因的排列多样性约为100Vκ×5Jκ=500。
（二）λ链基因的结构和重排
小鼠Igλ轻链基因结构见表3-4。在大多数近交系小鼠中，有4个Jλ和4个Cλ，根据其在胚系DNA上的分布位置可分为两组（cluster):Jλ2Cλ2Jλ4Cλ4(C2-C4组)和Jλ3Cλ3Jλ1Cλ1（C3-C1组），每组基因片段长约为5kb。
表3-4 λ链基因结构和编码的氨基酸
| 分类 | 名称 | 在基因片段中的位置 | 编码氨基酸在轻链中的位置 | 编码氨基酸数 |
| 先导序列基因片段 | ||||
| L1 | 基因组5′端 | 第-19～-5先导肽段 | 15 | |
| 外显子 | L2 | 紧接V基因5′端 | 第-4～-1先导肽段 | 4 |
| V基因片段 | L2的3′端 | V区1～96或98 | 96或98 | |
| J基因片段 | V基因片段3′端 | V区97或99～112 | 14或16 | |
| C基因片段 | J基因片段3′端 | C区113～214 | 102 | |
| 内含子 | IS1 | 在L1与L2之间 | 93 bp | (不编码） |
| IS2 | J与C之间 | 1205 bp | （不编码） | |
λ基因组中共含有Vλ1、Vλ2和Vλx3个Vλ基因片段，Vλ2与“C2-C4组”（Jλ2Cλ2Jλ4Cλ4）的5′端相距73kb；Vλ1与“C3-C1组”（Jλ3Cλ3Jλ1Cλ1）相距19kb；VλX与Vλ23′端相距19kb；Vλ重因片段与Jλ、Cλ基因片段的连接并不完全随机，Vλ1与Jλ3或J1重排，组成Vλ1Jλ3Cλ3基因或Vλ1Jλ1Cλ1基因，而Vλ2似乎只与Jλ2重排组成Vλ2Jλ2Cλ2基因，偶尔可见Vλ2与Jλ3或Jλ1重排，分别组成Vλ2Jλ3Cλ3基因和Vλ2Jλ1Cλ1基因。Jλ4、Cλ4不具备功能。目前尚未发现Vλ1与Jλ2重排。VλX只发现与Jλ2重排。
在人类，λ基因位于第22号染色体，Vλ约有100个，不同亚型含Cλ数量在6～9个之间，每个Cλ与各自的Jλ基因片段相邻。λ轻链的转录过程是某一个Vλ基因片段与某一个Jλ片段连接成Vλ/Jλ外显子，然后与邻近Cλ基因片段重组转录为初级mRNA，再通过mRNA的剪接、翻译及修饰，成为成熟的λ轻链。
图3-11 小鼠κ轻链基因重排顺序、转录和合成
