主要由大脑构成，担负思考及指挥身体的机能，但是各个脏器的运行，并不是由这个系统所指挥。指挥系统是利用神经系统将人体各部位的状况传达到大脑，并将大脑的指令直接传达到人体的各个部位，让人体能够对各种外来的刺激做出迅速的反应。
许多低等生物并没有大脑，这些生物没有逃亡和攻击的能力，只能无意识的活动，多数的行动均很缓慢。但是这些生物都有和人体五脏六腑类似的脏器功能，能够呼吸、吸收营养、排泄废物等。这说明了大脑可能是生物进化过程中，为了适应外界环境，能够快速运动时，才产生的脏器。
在人体的网络结构中，大脑更像是一个企业计算机网络中总经理（CEO）的终端机，而不是网络中的服务器（Server），各个脏器则更像是网络中不同功能的服务器。
也就是人体的大脑更像一个人体系统的使用者，人体的系统维护则另由负责的机构。
