医生常在新生儿生后12小时内对其进行全面的体格检查，先进行一系列的测定，包括体重、身长、头围。新生儿平均出生体重为3200g，平均身长为51cm。再检查新生儿的皮肤、头、面部、心脏、肺、神经系统、腹部和生殖器。
新生儿皮肤呈红色，由于生后头几小时末梢循环差，指（趾）微微发绀呈蓝色。
正常头位分娩的新生儿，在生后几天内，头有轻度变形，颅骨重叠，颅骨重叠可使头在分娩过程中被挤压，可出现头皮肿胀和形成淤斑。如果分娩时先露为臀（臀位分娩），头一般不变形，但臀、生殖器、足可肿胀和形成淤斑。如果颅骨和骨膜间有出血，可形成小的头颅血肿，头颅血肿一般几周内自行消退。
阴道分娩时产生的压力可使面部肿胀，此外产道的压力可使面部不对称。面部不对称有时是由于支配面部肌肉的三叉神经面支在分娩过程中受到损伤造成的，一般在几周内逐渐恢复。
医生用听诊器检查新生儿心脏和肺部，了解有无异常。新生儿的皮肤颜色和一般情况可以提示有无疾病存在，腹股沟处的脉搏强度也应检查。
医生仔细检查新生儿有无神经系统的异常，检查新生儿的反射。新生儿最重要的反射是拥抱反射、觅食反射和吸吮反射。
新生儿的反射
| 反射 | 特点 |
| 拥抱反射 | 当新生儿被惊吓时,他的上肢和下肢外展,然后慢慢内收,手指伸直 |
| 觅食反射 | 轻触一侧口角,新生儿将头转向刺激侧.这种反射使新生儿能找到乳头 |
| 吸吮反射 | 当把食物放在新生儿嘴里,他便立即开始吸吮 |
医生检查新生儿腹部，不仅要检查腹部的外形，而且要检查内脏（如肾、肝、脾）的大小、形状、位置。肾脏扩大提示可能存在尿路梗阻。
医生检查新生儿手臂（上肢）、腿（下肢）和髋关节的屈曲性和运动功能。髋关节脱位是新生儿常见的疾病，髋关节脱位时用两层或三层尿布将髋关节固定于正常位置，必要时请矫形外科医生用夹板固定。
医生检查生殖器。男孩的睾丸应在阴囊内，新生儿睾丸扭转虽然少见且疼痛不明显（见第229节），但需急诊手术。女孩的阴唇是突起的，母亲服用雌激素可导致阴唇在生后头几周内肿胀。
