核黄素缺乏病的病因多由于膳食中核黄素供给不足，或由于某种继发性原因，如需要量增高、吸收、利用障碍引起。核黄素富含于动物性食品（如乳类、肉类、肝、蛋等）和新鲜蔬菜中，如果由于经济条件差、食物供应困难或偏食习惯等，上述食物受限制时，容易发病。核黄素在体内耗竭时间为60～180天，如每日膳食摄取量仅为0.55mg，约经3～4个月，即可出现症状。
在环境应激和生理负荷增大时，需要量增加而补充不足，也容易发病。如气候适应、重体力劳动或精神紧张，妇女怀孕或哺乳期，青少年生长发育期等。
慢性全身虚弱性疾病，如结核、风湿、亚急性心内膜炎、充血性心力衰竭、恶性肿瘤等，由于普遍缺食欲，影响核黄素吸收、储存，同时破坏增加。凡代谢增高的疾病，如甲状腺机能亢进，长期低烧等，导致核黄素需要量增加，因核黄素为组织修复所必需。恶心与呕吐影响食物的摄取。痢疾、腹泻、慢性溃疡性结肠炎、节段性回肠炎影响营养素吸收。肝硬化病人影响核黄素的利用。
我国规定成人核黄素每日供给量为1.2～2.0mg。但据1982～1983年全国和全军营养调查资料，我国人民摄取量一般为0.6～0.8mg，部队平均为1mg。因此，核黄素缺乏病在我国是一种较常见的营养缺乏病，1939～1940年调查难民发病率为47.9～49%，门诊和住院肺病病人的发病率为77.5～90.9%。50年代以来，对流行性阴囊炎的调查和治疗试验，报道较多，建筑工地工人发病率为32～50%。中学生为7.5～17.5%，大学生为18.3%和31.2%。解放战争后期，部队在江南一带曾发生阴囊皮炎大流行，发病率为39.0～53.1%，最高达95%。1970年铁道兵苛隧道施工部队发病率为58%。据1982～1983年调查，陆军核黄素缺乏病发病率一般为25%，有的部队可高达80%。
