硫胺素的主要或唯一的治疗价值在治疗和预防硫胺的缺乏病。开始治疗时，剂量可大一点，一旦纠正后，大量使用硫胺素是没有必要的。由于硫胺素毒性极微，目前一般用药剂量有偏大的趋势。
除治疗和预防硫胺素缺乏病外，硫胺素可作为各种疾病的辅助治疗。
此外，有有报告硫胺素也可参与造血器官有关水代谢的调节。它还广泛用于临床各种神经疾患的治疗（神经官能症、脊神经根炎、精神病等）。
目前静脉营养，大量补充能量时，也补充一些称之为“能量合剂”的制剂，其中包含硫胺素。
总之，早期发现硫胺缺乏，及早治疗的效果好。急性暴发型脚气病死亡率高达50%。干性脚气病已发生肌肉萎缩者恢复较难。其它型治病及时，预后良好。应注意硫胺素的亚临床缺乏。目前，各国处于硫胺素亚临床缺乏者，不乏其人。这对硫胺素缺乏的预防有重要意义。
