营养缺乏病的病因有原发性和继发性两类，原发性病因指单纯摄入不足，可以是综合性的各种营养素摄入不足，也可以是个别营养素摄入不足，而以前者为多见。继发性病因指由于其它疾病过程而引起的营养素不足，除摄入不足外，还包括消化、吸收、利用、需要等因素的影响。临床上所见到的各种营养素缺乏绝大多数成为疾病过程的综合表现的一部分。
按营养素在体内的代谢途径，营养缺乏病的病因可以分为以下几个：
9.1.1 营养素的摄入不足
最常见的是食物摄入不足，其原因可以是原发的，也可以是继发的。原发性摄入不足中，因灾害或战争等社会因素引起的食物不足常是综合性缺乏，但在表现上则以热能蛋白质营养不良为主。一般情况下，偏食可引起某种营养素缺乏，有时某人群的习惯性偏食甚至可导致某种营养缺乏病的流行。食物因加工烹调不合理而破坏营养素，虽其摄入量并不少，但亦可发生缺乏，如水溶性维生素的缺乏中，食用精白米面和丢弃米汤常是脚气病的主要原因，蔬菜先切后洗，烫漂捞挤将使大部分维生素C遭受破坏。
食物摄入不足的继发性原因是食欲不振、昏迷、精神失常或神经性厌食、口腔及颔面手术后、食道癌贲门癌等引起肠胃道阻塞的疾病。在这些疾病中常采用鼻饲或静脉营养补给措施，但如补给量不能满足患者需要时，仍会发生营养缺乏的症状。
9.1.2 营养素的吸收不良
热带口炎性腹泻及胰腺功能不足引起消化道广泛性的吸收不良，胃及十二指肠或回肠切除引起部分小肠吸收不良，表现有缺乏的营养素有脂肪、叶酸、脂溶性维生素和维生素B12、铁等。有些药物可阻止营养素的吸收，或影响其代谢而致主动运输机制受到抑制，如石蜡油溶解脂溶性维生素而造成吸收不良，新霉素和秋水仙素造成绒毛的结构缺陷和酶的损害，使脂肪、乳糖、维生素B12、矿物盐等吸收不良，消胆畸通过与胆盐结合而降胆固醇，这样就继发因胆盐缺乏而致的吸收不良。长期服用抗惊厥药或双磷酸酯均可影响钙的吸收，但其机制不同，前者是由于加速维生素D及其活性代谢物的分解代谢，而后者是由于1，25二羟胆骨化醇的形成减少。还有的是先天性缺陷造成的，如先天性维生素B12吸收不良，其缺陷在于维生素B12被吸收后缺乏运输的球蛋白，须依赖肌注维生素B12才能维持血象正常。
近年证明营养素之间的不平衡也是造成吸收不良的因素。对防治心血管疾病和肠道肿瘤有好处的膳食纤维如摄入过多将影响无机盐的吸收，而铁和锌相互间须保持一定比例，一方过高即引起另一方的吸收不良。
9.1.3 营养素的利用减少
常见的是肝脏疾病使营养素的利用率或储备能力下降，肝硬化时常合并维生素A、B6、B12、叶酸的储存减少而出现缺乏。尿毒症时肾脏不能使25-羟胆骨化醇转变为活性形式的1，25二羟胆骨化醇，导致肠道吸收钙的障碍。有的是由于其性质是营养素的拮抗剂，故在作为药物使用时可抑制营养素的功用，如抗肿瘤药脱氧吡哆醇是维生素B6的同系物，能抑制需要维生素B6的酶系。又如高剂量的异菸肼或肼苯哒嗪均可引起维生素B6的缺乏，均属于拮抗B6的作用所致。有少数也可能是遗传性疾病引起的利用有缺陷如肝中先天性缺少亚胺甲基转移酶或N-5甲基四氢叶酸转换酶活力减低都使叶酸的利用有缺陷。维生素B6的遗传性缺陷是由于酶蛋白的缺陷而影响和辅酶的结合，表现出婴儿惊厥、贫血、高胱氨酸尿等维生素B6反应性疾病。
9.1.4 营养素的损耗增加
长期发热、代谢机能亢进、各种癌症及其它消耗性疾病如糖尿病、结核病均明显地增加体内各种物质的消耗。创伤、大手术、大面积烧伤等促使组织分解代谢加剧的情况使大量氮从尿中及创面丢失，代谢率也显著增加。消化道瘘、肾脏病也是蛋白质损耗较大并容易发生营养缺乏的疾病。放疗或化疗造成的营养素损耗及蛋白质合成障碍如不及时补给以满足需要，常使病人的周身情况变得虚弱而不能坚持，影响治疗效果。寄生虫疾病在第三世界比较普遍，营养缺乏的原因与寄虫感染引起的营养素损耗增加有关。长期的慢性失血也是应该及时治疗而防止导致营养缺乏的疾病。总之，一切引起代谢加速及营养素丢失的疾患都应密切注意，及早治疗。
9.1.5 营养素的需要增加
在人体生长发育旺盛及妊娠、授乳等生理过程中，营养需要量有明显的增加。如细胞分裂时核酸合成增加，其中叶酸是必不可少的营养素，因而在妊娠的初期必须增加叶酸需要量以适应胎儿组织生长发育的需要。到妊娠后期胎儿成熟，体内要有一定的营养素储备，此时母体对蛋白质的需要量必然增加，如营养供给不足则使胎儿生长缓慢，骨骼或脑的成熟过程可能发生障碍。乳母为了保证乳汁的分泌量和其营养成分，各种营养素的需要量都有明显增加。此时如果有营养素吸收不良、利用减少和损耗增加的情况，则更容易发生营养缺乏。因此，对于这一类患者，更要注意营养缺乏病的防治。
