西藏阿里地区藏医院的前身为阿里地区人民医院藏医科，1984年10正式成立了阿里地区藏医院。目前，全院总职工人数为55人，其中高级职称1人，副高级职称3人，中级职称24人，初级职称18人，编制床位60张，实际开放床位为40张。
医院设有八大科室，即住院部、门诊部、护理部、医务科、天文历算研究所、行政办公室、岗底斯藏医学校、药剂中心（加工厂）。为了突出藏医特色医疗优势，加强专科专病建设，医院设立了“骨外科”及“消化科”专科，实现了“专病专治”的医疗新格局。
同时该地区充分利用当地的藏药材资源自制药品。现申请注册药品202种，已审批注册药品125种。在原院长西藏自治区四大著名藏医药大师之一格隆·丹增旺扎的指导下，经藏医院多位主治医师的共同努力，经过5年的临床应用测试，研制出治疗血管痉挛等疾病藏药“珠母丸”。此药在2007年荣获“西藏阿里地区科学技术一等奖。
该院创办的专门培训全地区乡（村）藏医医生岗底斯藏医学校，为基层输送一批藏医药技术人员，缓解了该地区基层藏医药技术人员不足的问题。同时学校设有教学门诊，全年门诊量为3155人次（含国内外患者），医院开展的放血、针灸、火灸等特色疗法，疗效显著，受到患者的一致好评。
