药物在发挥预防和治疗作用的同时，也会出现一些对人体不利的作用，这就叫做不良反应。不良反应包括以下几个方面：
（1）有的药物使用时，即使剂量并不过大，仍属治疗剂量，也可引起某些与治疗目的无关的作用。如阿托品治疗胃肠绞痛，可以缓解疼痛，可是同时又引起口干；氯丙嗪有抗精神病作用，但长期应用可引起39％的病人出现震颤、肌肉抽搐等反应。这就叫做“副作用”。
（2）很多药物如果用量过大、或用药时间太长、或个人敏感性较高时，就可以引起体内某一或某些器官功能的紊乱。如保太松有时可引起肝炎、血尿；链霉素对第八对颅神经的损害引起耳聋。这就叫做“毒性反应”。
（3）有时用药量极小（如青霉素仅用几十单位），在少数病人却可以引起皮肤上发疹子、发热、甚至发生休克，这就叫做“过敏反应”。是抗原抗体结合的变态反应。
（4）有时在药物治疗发挥作用之后或同时发生继发性感染，例如长期应用广谱抗生素（像四环素类），使肠道正常菌群失调，导致耐药菌株或霉菌的大量繁殖而引起葡萄球菌肠炎或念珠菌病。这就叫做“二重感染”。每种药物几乎都可以有不同程度的不良反应，引起过敏反应的药物常见的有青霉素、磺胺药、链霉素、阿斯匹林、普鲁卡因、维生素B1、胰岛素、苯巴比妥、苯妥因钠、奎宁、细胞色素C、破伤风类 毒素和白喉类毒素等。
药物引起的较常见的不良反应，表现为以下几个方面：消化系统方面的如恶心、呕吐、腹胀、腹痛等；神经系统方面的如头痛、失 眠、头晕、耳鸣、精神失常等；循环系统的如血压降低、心跳加快或减慢及心跳节律不正常等；血液方面如白细胞减少或增多、血小板减少、贫血等；其它方面的如肝功能不正常、肝大、尿血和蛋白尿、呼吸抑制。还有抗药性瘾癖、胎儿畸形以及引起癌发生的不良反应。
